Il Rugby Perugia nasce nel 1969, anno in cui prese parte al campionato di Serie C girone F. La prima storica partita venne giocata il 26 ottobre a Segni contro la Lepini Segni e finì con un pareggio (6-6).
Le cronache dell’epoca riportano, oltre al prezzo del biglietto di cento lire (per un incasso di 13.700 lire totali), i primi punti del Perugia, segnati su due calci piazzati dall’apertura Giorgio Agostini.
L’anno successivo, per recuperare una dimensione amatoriale e per abbattere i costi della prima squadra a vantaggio dell’attività giovanile, la società si iscrisse alla Serie C2.
Il campionato venne vinto e nella stagione successiva, 2000-01, il CUS Perugia tornò a disputare la Serie C1. Nella stagione 2003-04, sotto la guida tecnica dell’allenatore argentino Adrian De Giusto, venne promossa in Serie B.
Nel 2012-13 la squadra, guidata da Andrea Tagliavento, ottiene la prima storica promozione in Serie A.
Nella stagione 2016-17 la squadra partecipa al campionato di serie B, guidata dal coach Alessandro Speziali, e ottiene nuovamente la promozione in Serie A grazie alla vittoria nel doppio scontro in finale contro il Rugby Paese. Dalla stagione 2017-18 milita nuovamente in A.